Nem véletlen, hogy a mai napig klublegenda:
Ekkor azonban kezdtek szaporodni a gondok. Olyannyira, hogy 1994 novemberében, azaz csupán fél évvel a KEK-győzelem után,
egyre súlyosabb alkohol- és kokainfüggűsége, valamint játékszenvedélye miatt a szövetség felfüggesztette a játékjogát, és egy három hónapos rehabilitációs program elvégzésére kötelezte.
Ha nem is volt példátlan az ilyen büntetés, mindenesetre súlyos gondokat jelzett. Merson 1995 februárjában tért vissza a pályára, olyan volt, mint régen, ismét bejutottak a KEK-döntőbe (ahol kikaptak a Zaragozától), igaz, az immár Premier League-nek hívott bajnoksgában csupán 12. lett a csapat, mindössze hat ponttal gyűjtve többet, mint a már kieső Crystal Palace.
Az 1996-97-es szezonban már Arsene Wenger által irányított csapat harmadik helyen zárt a PL-ben, Merson azonban a szezon végén váratlanul távozott a klubtól. Pedig egy újabb, két évre szóló szerződést tettek elé, ő azonban hosszabb időre akart aláírni, így végül 4,5 millió fontért az élvonalból éppen kieső Middlesbrough játékosa lett. 423 tétmeccsel és 99 lőtt góllal a háta mögött köszönt el a csapattól. Északon sem ment neki rosszul: a szurkolók csak Varázslónak (Magic Man) hívták, elévülhetetlen érdemei voltak a feljutás kiharcolásában, ahogy abban is, hogy a csapat bejutott a Ligakupa döntőjébe, ahol hosszabbítás után kapott ki a Chelsea-től.
Egy gól és egy csodás gólpassz a Liverpool ellen:
Hogy Merson milyen jó formában lehetett, azt jól mutatja, hogy
a másodosztályból is be tudott kerülni az 1998-as angol vb-keretbe,
ahol a David Beckham kiállításáról elhíresült Argentína elleni, tizenegyesekkel elveszített nyolcaddöntőben csereként lépett pályára, és belőtte a büntetőjét. A válogatott karrierjét 21 meccsen lőtt 3 góllal zárta le 1998 novemberében.
A Boróból 1997 nyarán az Aston Villába igazolt, ahol négy szezont töltött, amiről később azt mondta, hogy élete legjobb időszaka volt.